세무조사 결과 종합소득세 처분 받자 취소소송 제기
法 "의료용역 제공 주체인 의사가 직접 발행해야"
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28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정8부(이정희 부장판사)는 의사 A씨가 강남세무서를 상대로 낸 종합소득세 등 부과처분 취소소송에서 최근 원고 패소로 판결했다.
A씨는 운영하고 있는 의원에 대해 병영경영 지원회사(MSO)인 B사와 '병원관리용역 및 결제대행 계약'을 맺었다. 이에 B사는 환자들에게 의료비를 지급받거나 매출세금계산서, 현금영수증을 발행하는 업무를 맡았다. A씨는 의료비 중 B사에 대한 수수료를 공제한 나머지 금액에 대한 세금계산서를 발행했다.
이후 A씨 의원과 B사가 신용카드 위장가맹점에 해당한다는 세무조사 결과가 나왔다. 세무당국은 결과에 따라 부가가치세와 종합소득세를 경정·고지했는데, 매출과 제반비용을 실사업자인 A씨에게 귀속시켜 계산했다.
A씨는 조세심판원에 이의를 신청해 일부 감액을 받았음에도, 전부 취소해달라며 행정소송을 냈다.
A씨 측은 "기획재정부는 지난 2006년 MSO 제도 도입을 권고했는데, 이에 따라 용역 계약을 맺고 세무 및 회계처리를 한 것"이라며 "그럼에도 세무당국은 특별한 사정 없이 처분을 했다"고 주장했다.
하지만 재판부는 "의료용역을 제공한 주체인 A씨가 직접 의료비를 수취하고 세금계산서를 발행해야 한다"며 청구를 기각했다.
재판부는 "환자들이 낸 의료비는 A씨가 환자들에게 제공한 의료용역에 대한 대가이고 의료법은 의료인이 아닌 자의 의료행위를 엄격하게 금지하고 있다"고 전제했다.
이어 "2006년 당시 기획재정부의 발표 자료를 보면 'MSO는 의료행위와 관련 없는 진료비 청구, 구매, 인력관리 등 병원경영에 필요한 서비스를 제공하는 회사'로 명시하고 있다"며 "'진료비 청구'가 직접 의료용역 제공이 가능하다거나 MSO를 공급자로 하는 세금계산서 발행을 의미한다고 볼 순 없다"고 설명했다.